Ernst Werner, Çekoslovakya’nın Kuzey Bohemya bölgesinde doğdu. Burada Ticaret Lisesini bitirdi. Savaştan sonra yerleştiği Demokratik Almanya’da üniversitenin tarih bölümüne devam etti ve Orta Çağ tarihi üzerine yoğunlaştı. Fransa ve İtalya’daki halk hareketleri ve Balkanlar’daki Bogumil hareketi üzerine incelemelerde bulundu. Orta Çağ Balkan tarihi üzerine yoğunlaşırken ilgi alanı Osmanlı tarihine kaydı. 1956 yılında Orta Çağ Tarihi profesörü olan Werner, 1960’da Leipzig’deki Karl Marx Üniversitesi’nin Rektör Yardımcılığına getirildi. Bu dönemde Orta Çağ Osmanlı tarihine ilişkin çalışmalarını derinleştirdi ve 1966 yılında Büyük Bir Devletin Doğuşu: Osmanlılar (1300-1481) adlı kitabını yayınladı. Eser, tarih çevrelerinde büyük ilgiyle karşılandı. 1967 yılında Leipzig Karl Marx Üniversitesi rektörlüğüne getirilen ve çalışmalarını artık daha çok Orta Çağ Alman tarihi üzerine yoğunlaştıran Werner’in Osmanlı tarihinin ilk dönemlerine ilişkin birçok makalesi ve konferans tebliğleri bulunmaktadır.